所多玛和蛾摩拉是圣经创世记中提到的五个“平原城市”中的两座，其他三座分别为琐珥，押玛，洗波音，他们位于圣经故事的主要发生地中东地区，但具体位置不详，目前考古学者的主要观点认为这五座城市位于死海沿岸，创世纪中记载，在亚伯拉罕时代，犹太人先祖亚伯拉罕带领族人定居约旦地区，之后因族群人口和牲畜数量膨胀，亚伯拉罕和他的侄儿罗得分别带领一群族人各自生活繁衍。亚伯拉罕定居在迦南地canaan，他的侄儿则迁往约旦平原城市。苏美尔文明后期或古巴比伦初期，美索不达米亚平原埃兰国国王基多劳默Chedorlaomer很早就征服了约旦河平原周围的部落和城市。但几十年后，约旦平原城市的五城国王联合起义反对基多劳默的统治。作为回应，基多劳默发动了一场针对所索玛国王贝拉和其他四位盟友的战役，最后，美索不达米亚平的军队和约旦平原五座城市的军队在死海南端的Siddim西丁河谷发生了激烈的战斗，简称Battle of Siddim西丁战役，结果是五城联盟惨败，大部分人被赶进山谷，被散落在山谷中的沥青或焦油坑烧死，所多玛和蛾摩拉的国王侥幸逃脱，但两座城市货物和粮食被掠夺，一些公民被俘虏，俘虏中有亚伯兰的侄子罗得。
战争的消息传到了住在埃洛尼曼雷的亚伯拉罕那里，之后亚伯拉罕立即展开了救援行动，武装了 318 名训练有素的仆人，去追赶基多劳默的军队。亚伯拉罕在但城追上了他们，并在一次夜袭中从多方包抄了敌人，战斗一直持续到大马士革以北的霍巴，在那里他击败了基多劳默的军队，收回了所有的财物和俘虏，包括他的侄子罗得，索多玛王贝拉感谢了亚伯拉罕，之后罗得和他的家人就定居在索多玛城，在这之后又过了很多年，亚伯拉罕和妻子撒拉都年事已高，之前因撒拉无法生育，撒拉让自己的埃及侍女作为亚伯拉罕的小妾为他生了一个儿子，一日上帝派两个天使突然出现在亚伯拉罕面前，给他带来两个上帝的旨意，第一个就是他的妻子撒拉会在第二年生下一个儿子，第二个消息就是他要派遣这两个天使去索多玛城，因为索多玛城和蛾摩拉城充满了罪恶，上帝要摧毁它们，亚伯拉罕向天使求情，质问上帝愿意把城中的好人和恶人一起毁灭吗？如果那里能找出50个好人，40个，或者30个好人就赦免索多玛，最后上帝答应亚伯拉罕如果能在索多玛城里找到十个好人就宽恕那里。
之后两个天使来到索多玛城，而亚伯拉罕的侄子罗得正在城门口，他认出了两位天使并迎接他们，之后带这两个天使回到自己的家，在去罗得家的途中，两位天使目睹了索多玛城内的罪恶，那里到处是通奸，滥交，群交，人们在公共场合肆无忌惮的进行各种性行为，包括同性，甚至和动物。城里的暴民发现罗得家里藏匿了俩个外来人，他们破门而入要求罗德交出他们以供其享乐，罗得出来劝告众人不要做恶事，甚至愿意让自己两个还是处女的女儿顶替天使以供这些暴民享乐，天使一怒之下让这些暴民全部失明，天使警告罗德，要求他带着家人立即离开索多玛城，因为上帝要摧毁这座邪恶的城市，让他们离开城后一直逃跑越远越好，并且一定不能回头再看这座城市，于是罗得带着自己的妻子和两个女儿出城后一路奔向山区方向，最后上帝将硫磺和火降在索多玛、蛾摩拉这两座城市，彻底摧毁那里，罗德的妻子因不顾天使的警告在逃走的过程中回头看了索多玛城，因此变成一根盐柱。
以上就是圣经中关于上帝摧毁索多玛和蛾摩拉的故事，这一故事与圣经创世纪前半部大洪水的故事有着类似的起因，其主题都是由人类的罪引起上帝的愤怒，最后招致毁灭性的惩罚，后来“索多玛和蛾摩拉”在西方文化中也就成为邪恶和毁灭的代名词，由于圣经中记载的很多故事的发生地都在考古学中得到了验证，因此很多考古学家和历史研究者试图在现实中寻找索多玛和蛾摩拉二城的踪迹，一个主流的历史学研究观点认为圣经中提到的包括索多玛和蛾摩拉在内的五座平原城市位于死海东侧的约旦境内沿岸，这些古代城镇位于约旦裂谷主要断层上，在这些敏感地震带极易被地震摧毁，有记载，死海在在公元前 2100 年至 1900 年间确实发生过严重地质灾难，而地震可能引起地下石油储备带释放出大量原油进而引发大火，因此古代先民就记录下了这些夹杂巨大火焰的地震，并结合当时一定历史文化背景，在文献中形成了圣经中的故事。
除了圣经，大约同时期的古希腊历史学家Strabo斯特拉博也曾提到过，居住在莫阿萨达Moasada附近的当地人称，“该地区曾经有十三个有人居住的城市，索多玛是其中的大都市”。 莫阿萨达位于死海西岸，今天以色列境内，斯特拉博因此将死海西南端的石灰岩和盐山以及附近的Kharbet Usdum哈尔贝特乌斯杜姆地貌认定为圣经中的所多玛遗址，因此现代地理学中又将哈尔贝特乌斯杜姆称为所多玛山mount sedom, 但现代地理学研究表明，该地区的特殊地形源自东非大裂谷系统运动，还有泥土和岩石缓慢堆积产生的压力，压在盐层上，形成了所多玛山，这座小山比死海水位高 226 米，它长约 8 公里，宽 5 公里，含有约 80% 的盐分，上面覆盖着一层石灰石、粘土和砾岩，这些砾岩是从谷底挤压上来的。由于风化，一些部分已经分离，其中一根柱子今天被称为“罗得的妻子”，就源自圣经索多玛和蛾摩拉的故事。古希腊之后罗马时期的犹太历史学家弗拉维乌斯·约瑟夫斯也曾将死海确定为地理上靠近圣经中的古城索多玛，还很多古代的历史学家认为，索多玛和蛾摩拉被洪水淹没在死海南部盆地下方。
美国考古学界的著名夫妻，保罗·拉普 （Paul Lapp）和南希·拉普（Nancy L. Lapp)曾在上世纪中期一直在约旦和巴勒斯坦进行考古挖掘活动，他们在约旦境内尤其是死海沿岸发现了众多古代遗址，1970年保罗·拉普去世后，另外两名历史学者沃尔特·e·拉斯特Walter E. Rast 和r·托马斯·绍布 R. Thomas Schaub继续他之前的研究工作，他们挖掘出土了更多可能得古代城市的遗址，其中包括死海旁的青铜时代遗址Numeira努梅拉，Feifa法伊法, Khirbet al-Khanazir，根据拉斯特的研究，努梅拉在公元前 2600 年被摧毁，一些学者认为努梅拉就是圣经城市蛾摩拉，第一是二者在当地的发音相似，第二是根据圣经中描述的线索，罗得和他的女儿逃离被摧毁的索多玛城后，逃到琐珥zoara城附近的一个山洞内避难，而这个琐珥城也是平原五城市之一，庆幸的是这个座城市自古代到现在一直都存在且有官方记载，该地点历史上又被称为Zoar小镇，现在被命名为 Ghor es-Safi，该地区一座名为Sanctuary of St. Lot圣罗特圣殿教堂旁边的山洞，在历史上还被认为是罗德和他女儿避难的山洞，而努梅拉城遗址就在琐珥北面，同样位于死海南部盆地平原东岸，也是目前发现离琐珥最近的遗址，所以就此反推出努梅拉很可能就是蛾摩拉城。
而根据近些年的校准的放射性碳测显示，努梅拉遗址的居住时间跨度约为 250 年，在公元前 2300 年被一场大火猛烈摧毁后，再也没有被重新居住，火灾似乎和圣经中的天火相吻合，但努梅拉的毁灭日期比假设索多玛毁灭日期早了 200 年，时间上有出入。在努梅拉往北，同样在死海南部平原东侧还有一座遗址，被称为Bab edh-Dhra巴布·艾德-德拉，在 1924 年被美国考古学家威廉·奥尔布赖特 （William F. Albright） 领导的一次探险中被发现，该遗址紧挨努梅拉，并处于同一时期，巴布·艾德-德拉在整个青铜时代早期被人类定居了1,000 多年，也是死海南部平原发现的最大遗址，和圣经中描述索多玛是平原五城中最大的城市相符，该遗址有防御工事，城墙占地 9-10 英亩，宽 7 m，由石头和泥砖制成。在墙外也发现了定居点，巴布·艾德-德拉在走向灭亡时的总人口在 600 到 1,200 人之间，城墙内是位于城市西南端高处的避难所、家庭和工业区，以及东北侧的门户。城门门户由两座侧翼塔楼组成，带有巨大的石头和木基础。它们宽约 4 米，长约 10 米，中间有一条 3-4 米的通道，城内房屋是典型的青铜时代早期“宽屋”风格，是长约 5 米宽约 2-3 米的长方形构造 。
在巴布·艾德-德拉还发现了巨大的墓地，而在它南边不远的努梅拉甚至没有墓地，加之在巴布·艾德-德拉墓地中发现了努梅拉的陶器，因此一些学者推测，二城可能共用同一墓地，这也进一步证明了巴布·艾德-德拉和努梅拉在古代时期关系的密切，这与圣经中描述索多玛和蛾摩拉的情况类似，根据考古发现，该遗址发生过两次破坏，第一次是西墙和大门区域经历了一次重大破坏，导致当时居民故意堵塞西门并在东北部建造新门，新大门建立在一米长的灾难造成的燃烧破坏碎片上，第二次发生了一场大的火灾，考古发现东北门被大火烧毁，西区有大量的泥砖堆积，城墙倒塌，城内圣殿的泥砖上层建筑倒塌，表明城市的这一部分遭到了严重破坏，之后城市外围有人类短暂定居后就彻底被遗弃，一些学者分析认为该城第一次破坏来自基多劳默对五城的平乱之战，第二次则是对应了上帝的惩罚，因此认为巴布·艾德-德拉就是索多玛城遗址，但考古证据同样显示该城的火灾发生于在公元前 2350 年左右，比努梅拉早了半个世纪，因此在时间点上似乎对不上号。
平原之城被毁的相当确切的日期可以从《旧约》的内部年表中推导出来，毁灭的日期可以根据亚伯拉罕的儿子以撒的出生日期来计算，如果我们假设出埃及的日期是公元前 15 世纪中叶，那么所多玛和蛾摩拉毁灭的日期应该是公元前 2070 年左右。但考古显示巴布·艾德-德拉和努梅拉发生毁灭性火灾的时间比这要早上几百年。要是二者时间点上具有一致性，那么已发现的各种因素真的和圣经中的索多玛和蛾摩拉二城的故事完美契合了。而近些年，一些历史学家的研究表明，当时的纪年划分确实存在不一致性，圣经中的故事以埃及纪年为准，而约旦青铜时代的年代取决于与埃及已知历史的同步性，但迄今为止考古学还没有青铜时期的此类同步性依据，因此二者的误差是否导致几百年的纪年法差异，目前无法得知。另一个重要发现是巴布·艾德-德拉地下确实存在沥青和石油矿床，其中含有硫磺和天然气，匹兹堡大学地质学家杰克·多纳休 （Jack Donahue）的研究表明，该遗址历史上发生过地震，地震隆起导致城镇遗址与北侧Wadi Kerak 之间的海拔差增加了至少 28 m，让巴布·艾德-德拉城北侧受到严重侵蚀，导致北城墙最终坍塌进入干河，而地震可能引发地下石油和天然气泄漏进而引发大火，这似乎给该遗址称为候选索多玛城又增加了一定依据。
另一个认为是潜在索多玛城遗址的地方，位于死海东北角12公里处，约旦河以东 11.7 公里，距离河口不远，称为Tell el-Hammam，也是一个规模上符合古代城市的遗址，始于铜石器时代晚期，约公元前 4 千年，并持续到铁器时代公元前 1 千年，再到希腊和罗马时期。该遗址在青铜时代中期达到了最大程度，当时建造了重要的防御工事，在青铜时代中期末期被大火烧毁，之后几个世纪一直无人居住称为废墟，考古学家发现了埋在近 3 英尺深的深灰色灰烬下的烧焦的地基和地板，以及数十个覆盖着 “融化”表面的陶片，玻璃状的外观表明，他们短暂地暴露在远高于 2,000 华氏度的温度下，这大约是火山岩浆的热量，这些证据表明，这座城市及其周边地区在一场突如其来的极端大火中遭到了灾难性的破坏。一些学者称该城市在古代遭遇过一场规模巨大的流星雨，可能就是索多玛城描绘的灾难，但这一说法至今没有被主流学界证实。
目前关于所多玛和蛾摩拉城的主要争论，在他们是在死海的北部还是死海的南部，两种说法都有各自的优缺点，但不可否认的是，随着近些年的对该地区考古挖掘工作的深入，约来越多的证据显示，圣经中描述该地区的古代城市在历史上是真实存在过的，而所多玛和蛾摩拉城可能就存在于已发现的几个城市遗址之中，所多玛和蛾摩拉被上帝毁灭的故事也可能在地质学和自然灾害中找到答案，圣经中的描述的故事和发生的地点，在近些年的考古领域不断证实，所以说，圣经在某种意义上要远大于一个宗教文本，它是一部犹太人历史书，也是一部古代大事件记录文本，其中描述的内容很可能在未来出现更多的验证，我们拭目以待。